Durante una tempesta una bambina fugge da una nave della marina trovando rifugio a bordo della Going Merry. Nonostante il primo approcio con i pirati non sia dei migliori, ben presto la bambina, che si chiama Apis, fa amicizia con loro.

Luffy e gli altri accompagnano la bambina nella sua isola d’origine, dove conoscono l’anziano nonno. Il nonno racconta loro una lunga e noiosissima storia, per fuggire alla quale Luffy esce di casa e comincia a seguire Apis. Scoprendone cosi’ che la bambina ha un vecchio drago di nome Ryu come amico, e riesce a comunicare con lui e con tutti gli altri animali grazie al potere datole dal frutto del diavolo di Whisper-Whisper. Potere che la marina vorrebbe sfruttare.

Il vecchio drago vorrebbe tornare nella sua isola natale, nella quale dice di poter riacquistare la sua forza. Nel frattempo però giunge un mercenario di nome Erik, al soldo dell’Ammiraglio Nelson, il cui obiettivo sono le ossa di drago con cui spera di ottenere un elisir di immortalità. Cosi’ la ciurma di Luffy con Apis e Ryu, nonostante i poteri del controllo dell’aria dati dal frutto del diavolo di Gust-Gust in possesso di Erik, riescono a salpare verso l’isola del drago.

Luffy e gli altri giungono in un’isola, che si rivela essere quella sbagliata, ma dove fortunatamente trovano indicazioni per poter raggiungere quella giusta.

Erik nel frattempo raggiunge la Going Merry, e Zoro lo trattiene scontrandosi con lui, permettendo cosi’ al resto della ciurma di proseguire il viaggio. Purtroppo però vengono trovati dalla flotta dell’Ammiraglio Nelson.

Luffy con il resto della ciurma cercano di combattere contro la flotta nemica, e Ryu per cercare di aiutare i nuovi amici viene ferito dalle cannonate. Luffy dalla rabbia distrugge la nave dell’Ammiraglio.

Ryu, ormai allo stremo delle forze lancia un forte richiamo, al quale accorrono a centinaia i suoi compagni draghi. Il luogo nel quale si trovano non è altro infatti che l’isola sommersa dei draghi, nella quale è venuto per morire Ryu. Apis capisce dunque la triste realtà, resa meno crudele dal dischiudersi delle uova di drago nell’isola ormai riemersa.

Ora Luffy e la sua ciurma possono riprendere il viaggio ed entrare nella Rotta Maggiore. Per far ciò devono risalire la Reverse Mountain. Impresa difficile ma resa possibile dall’abilità di Nami, il navigatore della ciurma. Giunti in cima alla montagna però la Going Merry viene inghiottita da una gigantesca balena.